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南京市官方公告介绍，在公祭仪式现场奏唱《中华人民共和国国歌》之后，全市主城区范围内道路上(不含高速公路、绕城公路、城市高架、隧道)行驶的机动车(正在执行紧急任务的特种车辆除外)应当停驶鸣笛致哀1分钟，火车、船舶 同时鸣笛致哀，道路上的行人和公共场所的所有人员(正在从事特种生产作业的人员除外)也同时就地默哀1分钟，致哀1分钟后恢复正常。
除了公祭仪式外，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆则安排6项悼念纪念活动：
一是举行下半旗仪式。今天早晨7：00，在纪念馆集会广场举行升国旗、下半旗仪式。
二是南京市部分区同步举行悼念活动。上午9：30至10：30，在南京市17个南京大屠杀遇难同胞丛葬地、12个社区和部分市级以上爱国主义教育基地同步举行悼念仪式，并组织开展青少年公祭诗歌朗诵活动。
三是举办国际智库交流活动。下午14：00，在纪念馆举行“记忆与和平—南京大屠杀史学术年会”，邀请部分国外专家学者、南京大屠杀史与国际和平研究院以及南京大屠杀史研究会专家学者参加。
四是组织“世界和平法会”。下午15：00举办，地点在纪念馆遇难者名单墙前，参加人员为中日韩和两岸三地佛教界人士代表、南京市五大宗教界人士代表及信众代表。
五是举办“烛光祭”活动。晚上19：00举办，地点在纪念馆祭奠广场，参加人员为出席公祭仪式的国际友人、港澳台同胞代表、同类场馆代表和南京市各界群众代表。
六是全国抗战主题纪念馆和部分城市同步举办纪念活动。公祭日当天，由中国纪念馆专业委员会牵头，在全国抗战主题纪念馆举行纪念、悼念活动。
2016年12月6日，南京师范大学播音系学生诗歌朗诵《山河永固》和《紫金花》。当日，南京大屠杀死难者国家公祭诗歌朗诵会暨“记忆之盒”展示活动启动仪式在南京师范大学随园校区举行。
1937年12月13日，日本侵略军攻占南京。之后，日军在南京及附近地区进行40多天屠杀，杀害30多万手无寸铁的中国平民和放下武器的士兵，制造了南京大屠杀。从1994年开始，江苏省和南京市都会在每年12月13日举行哀悼仪式，包括撞和平钟、敬献花圈等。
2014年2月，十二届全国人大常委会第七次会议审议全国人大常委会关于设立南京大屠杀死难者国家公祭日的决定草案，最终决定，将每年12月13日设立为南京大屠杀死难者国家公祭日。决议的通过，使得对南京大屠杀遇难者的纪念上升为国家层面。
同年12月13日，首个南京大屠杀死难者国家公祭仪式在南京举行。
2015年12月13日，国家公祭活动又一次举行。