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朱元璋定都应天府，或称京师，位于今江苏省南京市为明朝前期首都，后永乐时期迁都顺天府，应天府作为留都。洪武元年（1368年）八月，朱元璋以南京为国都，是为明朝京师。洪武十一年改称京师，永乐十九年明成祖北迁，以北京为京师。
在元末农民起义中，朱元璋从一个讨饭的小和尚起步，逐渐脱颖而出；公元1356年率军攻下集庆(今南京)后，将其改名为“应天”，但当时只是把该城作为临时身之所。
到公元1368年正月朱元璋由吴王而称帝，改元洪武。同年8月，大将徐达、常遇春率军攻入北京，元顺帝北走，元朝政权灭亡。明朝政权逐步由偏处东南一隅的割据势力一跃成为统一的全国政权。
汉唐故都长安已失地形优势
长安形势上有“崤函、终南之阻，渭、灞、浐之雄，百二山河之胜”，因此秦国以此为根基、统一关东六国；李唐王朝以此为都城、扫平隋末群雄，但此时天下形势已经大变。
全国经济中心已转至东南，如果定都西安，则南粮输运时必须沿河溯流而上，转运困难，难以保证供养，因此西安的定都之选被否定了。
太子朱标早亡，洛阳失去定都机会
洛阳“东压江淮，西挟关陇，北依邙山，南望阙，曾为九朝之都”。朱元璋的皇太子朱标当时即意欲迁都于此。史载:“皇太子还自陕西，巡视关、洛之后，志欲定都洛阳，归而献地图。”
但事隔不久，太子朱标身亡，迁都洛阳之议搁置。太子朱标早亡这一偶然事件，使洛阳在明代再次成为帝都的希望破灭。
北京依然面临严重的军事威胁
当时虽然元顺帝北走，但蒙元实力并没有完全消失，“引弓之士，不下百万众也!”强大的军事力量对北京构成了严重威胁。
在这种情况下，如若不在北方某地设重兵防守，则北京城的安全难以保障，但若屯重兵，则兵权须交付诸将，又极可能形成尾大不掉之势，重现历史上曾出现的藩镇割据局面。
不过，随着洪武年间对北元势力的一再征伐，至洪武二十年（公元1387年），元纳哈出降，辽东地区归附，北方蒙古的威胁也就大大减轻了，迁都北京的最大阻碍也就此消失了。
永乐十九年（公元1421年），明成祖朱棣正式将明朝首都从南京迁到北京。从此以后，北京就是明代的政治中心。